Skládá se z několika vrstev. Svrchní části jsou tvořeny převážně vodíkem a héliem. v dalších vrstvách můžete najít amoniak, metan, vodu, acetylén aj., které zbarvují atmosféru do odstínů žluté až hnědočervené barvy. Viditelný povrch Jupitera má charakteristický vzhled, dobře patrný i při pozorování pozemskými dalekohledy. Střídají se na něm světlé a temné pruhy, rovnoběžné s rovníkem, jejichž tloušťka se směrem k pólu snižuje. Temné pruhy bývají označovány jako pásy, světlé jako pásma. V dalekohledu připomíná obraz Jupitera spíše černobílý snímek. Barevné snímky pořízené sondami, které proletěly kolem planet, však ukázaly, že Jupiter je nesmírně barevný. Při pohledu zblízka se také ukázalo, že pro povrch planety jsou typické nejenom pruhy, ale také řada nejrůznějších oválných skvrn, vírů, smyček a nepravidelných útvarů, které zaujímají širokou škálu barev od bílé přes hnědočervenou až po červenou. Snímky kosmických sond Pioneer 10 a 11 zachytili velké množství detailních snímků atmosféry, na kterých jsou patrné různé světlejší a tmavší skvrny, žilky, filamenty apod. Tmavé skvrny byly ztotožněny s cyklóny, světlé s anticyklóny, přičemž nejaktivnější je rovníková oblast. Nejznámější z pozemních pozorování je Velká rudá skvrna, spočívající z větší části v jižním tropickém pásmu, která se dříve vyznačovala nápadnou červení.Rotuje jednou za 6 dní. Červená barva pravděpodobně souvisí s výskytem fosforu. Tento útvar pozoroval již v roce 1665 Cassini, což znamená, že skvrna setrvává na stejném místě nejméně posledních 300 let. Skvrna je nejspíš cyklonální poruchou, tedy obdobou pozemských hurikánů. Na Zemi se cyklóny zachovávají svou intenzitu v době, kdy se pohybují nad mořem. Jupiter žádné pevniny nemá, a proto by na něm cyklón mohl přetrvávat dlouhou dobu. Navíc je možné, že časová stabilita podobné poruchy je funkcí jejích rozměrů. Velká rudá skvrna je výjimečná pouze svou obrovskou rozlohou. Na povrchu planety bylo objeveno několik podobných, ale menších útvarů. Alespoň v jednou případě bylo také potvrzeno, že malé skvrny "žijí" poměrně krátce, jen několik let.