V kapitole o Jupiteru nelze nevzpomenout alespoň stručně událost, která byla nazývána událostí století. Odehrála se ve dnech 16. - 22. července 1994. V tomto období dopadly do husté atmosféry Jupitera jednotlivé úlomky komety Shoemaker-Levy 9. Kometa byla Jupiterem zachycena a při těsném průchodu kolem planety byla slapovými silami roztrhána na jednotlivé úlomky, které při dalším oběhu zanikly v hustých vrstvách atmosféry. Vzhledem k tomu, že kometární jádra mají velmi malou soudržnost, není rozpad kometárního jádra tak nezvyklým jevem. Byl už pozorován u několika komet.


Po celém světě byly připraveny stovky astronomických týmů a několik družic i meziplanetárních sond, aby co nejlépe využily tuto zatím ojedinělou možnost. Poprvé jsme měli možnost sledovat "v přímém přenosu" impakty těles o velikosti řádově kilometrů do atmosféry. Při vniknutí úlomků kometárního jádra do hustších vrstev došlo k velmi silnému ohřevu a díky malé soudržnosti dopadajícího tělesa došlo k jeho explozi a zániku. Při explozi byla podstatná část hmoty vyvržena zpět nad atmosféru. Vyvržený materiál vytvářel obří atomové hřiby, které se rychle rozpínaly a chlady. K naší smůle docházelo k přímým dopadům na odvrácené straně Jupitera. Na druhou stranu to mělo i výhodu. K vniknutí úlomků do atmosféry docházelo v místech těsně za východním okrajem, takže jsme měli možnost pozorovat proces dopadu, resp. již jen jeho následky, z profilu. To přispělo k objasnění mnohých otázek. V místech dopadů se v atmosféře vytvořily tmavé skvrny, které tam setrvaly po dlouhou dobu. Velikost největšího úlomku se pohybovala kolem dvou kilometrů. Spektroskopicky byla mimo jiných sloučenin zjištěna přítomnost metanu, oxidu uhelnatého, vodíku, amoniaku, etanu, železa.

V roce 1690 pozoroval G. Cassini tmavou, postupně se od východu na západ protahující skvrnu, což značně připomíná útvary, které byly v atmosféře Jupitera pozorovány po dopadech úlomků komety Shoemaker-Levy 9.
Odhaduje se, že na Jupiter dopadá průměrně každých 500 let kometární jádro o velikosti 300 metrů a každých 6 000 let o velikosti přibližně 1,6 kilometru.