Merkur má velmi tenkou a řídkou atmosféru protože mu to gravitační síly Slunce nedovolují) složenou z atomů vyražených z jeho povrchu slunečním větrem. Vzhledem k vysoké teplotě planety tyto atomy rychle unikají do vesmíru. V protikladu k Zemi a Venuši, jejichž atmosféra je mnohem stabilnější, je atmosféra Merkuru neustále obměňována a doplňována.
Tato slabá atmosféra je tvořena převážně héliem, které je zastoupeno 42%, dále má větší podíl sodík 42%, kyslík 15% a ostatní plyny jsou zastoupeny zbylým procentem. Hustota Merkurovy atmosféry je však natolik nízká, že nemá smysl o atmosféře vůbec hovořit.